教育部規劃的「國立大學自主治理方案」，作為國立大學「法人化」（公司化）的翻版，曾歷經各界批評反對多年。沉寂多時，如今又將捲土重來？
據目前規劃，該方案授權國立大學組成「自主治理委員會」，將由校外企業界人士、校友、和教育部代表佔過半席次，來替代由校內教職員生組成的校務會議的重大議案審議權限，包括校務預算、系所設立、招生員額、彈性薪資、校長遴選等。此方案聲稱校園民主缺乏效率、存有利益衝突，大學應交由外部委員治理，一經推出，即引起學界譁然。
2012年6月，高教工會即偕同百名學界人士，發表「假自主治理，真出賣大學！？百名學界人士公開聲明反對教育部『大學自主治理方案』」聲明，指出：「學界呼籲教育部立即停止推動此一方案，否則定將使國立大學成為缺乏校園民主、不受公共監督、只聽從企業要求、向學生予取予求的『學術工廠』。」
然而，各界反對，仍無法阻擋教育部的決心。教育部仍與國立成功大學協議「試辦」方案，將於明日（12月24日）成大之臨時校務會議，討論是否施行此案。高教工會呼籲，「自主治理方案」關乎台灣高等教育發展的未來，究竟是堅持校園民主、維護大學公共性，還是導向大學私有化，強化政商勢力掌控大學的權力，值得各界的積極關注。
參照成大校方提出的試辦方案，仍有多項爭議，至少包括：
一、「外部委員」取代「校園民主」，理據何在？
仔細審視成大校方提出的「自主治理」試辦方案，不難發現，這計畫其實並非要追求成大校內的「自主治理」，反而是要將成大的重大事項審議權力交由「外部委員」決定。根據規劃，19人組成之自主委員會中，只有8人來自於校內，11人來自於校外。外力介入「自主」的必然性不證自明。
沒有任何合理的證據可以說明，這些兼任的「外部委員」，能比經校園民主程序產生的教職員生代表，更合適來治理大學。何況「外部委員」很可能多數將來自企業界，其利益取向將與大學獨立教學研究的精神有所衝突。當前校園民主若有任何不足之處，應當是先嘗試進行內部改革（如強化專業委員會、聽證程序、合理增加助理教授、職員、學生代表席次…）；捨此之道，輕易將治理權交給「外部委員」，豈非放棄了數十年來力爭而來的校園民主、大學自治理想？
二、「自主治理委員會」主委、副主委由教育部選任，官方掌控力加強
「自主治理方案」的名義彷彿宣稱，「自主治理委員會」成立後，教育部就將退出介入國立大學。但事實全然相反。依目前計畫所規劃，教育部非但仍能直接指派三席委員進入委員會，而且更握有自「外部委員」中選任委員會「主委」、「副主委」的權力。換言之，教育部可以恣意地指派其屬意的人選，擔任自主治理委員會的主委、副主委，進而握有決議國立大學重大事項的權力。這樣的變動，和「大學自主」、拒絕政府不當介入的精神，全然是背道而馳。
三、大學會計核銷「鬆綁」，與「自主治理」無關；兩者相聯繫將屬「不當連結」
成大校方與教育部的計畫說明中，經常以國立大學「五項自籌」的校務基金將更能自由運用，其會計核銷制度將更能「鬆綁」，來勸誘教職員接受「自主治理」計畫。但這兩者有關連嗎？
實際上，在現行架構下，國立大學「五項自籌」的校務基金，已有相對彈性的合理使用與稽核辦法。若仍有僵化、不合理之處，也可再行改革細節，或增加專業的會計稽核人力予以輔助，而和大學是否參與「自主治理」方案無關。教育部與成大校方試圖將兩者掛勾，顯然構成「不當連結」，並未有合理改革大學經費使用的誠意。
四、表決門檻過低，不當剝奪民主權力
據了解，教育部與成大校方目前仍屬意，該方案只要經大學校務會議以「一般事項」的程序，由代表1/2出席、1/2同意，就可以通過「自主治理方案」，設立「自主治理委員會」。
然而，「自主治理委員會」的設立與內容，涉及替代、剝奪「校務會議代表」的法定權力，根本地變動了一所大學的權力架構。這豈可不遵行「重大事項」的程序門檻，由2/3代表同意，始得為之？
更何況，依據目前成大校方提出的方案，「自主治理委員會」設立後，也仍可解散（將校務權力交還給校務會議），但必須經校務會議代表1/5提案，2/3出席，2/3同意，始可解散自主治理委員會。倘若如此，為什麼「自主治理委員會」的設立通過，不是依據這個標準？反而是只以1/2出席、1/2通過門檻，就可以設立新機制，剝奪其他校務會議委員的權利？這豈非違反重大事項應審慎決議，與尊重少數的民主原則？
綜上所述，高教工會再次呼籲，現行教育部推動的國立大學自主治理方案，存有侵犯校園民主、強化官方控制力、與經費會計稽核不當連結、草率審議…等多方面問題；這個改革方向與強化大學自主、學術自由發展、校園民主、師生共治、維護教育公共性…等精神背道而馳。如果貿然通過，恐將成為台灣高教發展的新災難。
相對於此，高教工會主張走完全相反的道路，亦即，我國應以更合理的稅制徵收和預算分配制度，來增加對公共資源對高等教育的投入，以全面提升我國大學公共化的比例，並捍衛與改革既有的校園民主、學術自由成果。而在這同時，我們要求教育部立刻停止各種助長高等教育市場化、商品化的作為，並且撤回違法濫權的「自主方案」，否則，大學師生必將走上街頭，堅決表達反對的聲音。