我國最高的學術機關中央研究院，除了有大量專業的研究人員領導學術研究外，同時有數千名的專兼任職員、助理協助各類行政事務或研究執行，構成了學術研究發展不可或缺的基礎。
然而，高教工會從2019年下半年開始，陸續收到多位中央研究院職員反應院內勞動環境的各類問題，包含勞動契約未依勞基法以不定期契約約定（而是一年一簽）、違法解雇頻傳、部分單位對勞方請假刁難、職場霸凌處理機制不足、考評不透明…等缺失，與現行我國勞動法令顯有落差，有大幅改正的必要。
為了凸顯中央研究院的職員勞權問題，在五一勞動節前高教工會邀請中央研究院資深職員、勞資會議勞方代表及律師共同召開記者會，期盼導正中央研究院的勞權環境。
經工會深入瞭解並提供會員法律諮詢，越來越多中央研究院勞工挺身而出爭取權益，時至今日，已有兩項初步成果：
- 勞工確認僱傭關係訴訟一審判決由中央研究院勞方獲得勝訴（臺灣士林地方法院 109 年重勞訴字第 15號民事判決）
- 職員助理之勞動契約經向台北市政府勞工局申請勞檢，釐清應依勞基法確定為不定期契約，中央研究院也已正著手修正。
工會在此肯定中央研究院已開始修正內部措施以符合法令，但要指出，勞動基準法只是勞動環境的最低標準，中央研究院身為國家級的最高學術研究單位，不應只求最低標準，而應秉持廖俊智院長所提出的求真求實精神，針對院內勞資爭議及職場霸凌情形妥善處理，尋求制度面的改正；並且是要誠心處理問題，而不是官僚應付、甚或針對提出問題的人加以報復。
前述臺灣士林地方法院 109 年重勞訴字第 15號民事判決，在永信法律事務所林永頌律師及白禮維律師代理下成功取得勝訴。工會肯定士林地院在本案的嚴謹審判，在判決書上就各項爭議均提出詳細的說明及裁判理由，確認中央研究院智財技轉處只因員工請假爭議，即片面修改其過去考績並施以懲戒解僱，並未佐證員工違規達到「情節重大」，該解僱並不合法。
工會在此對中央研究院提出強烈呼籲，中央研究院應該仔細思考法院判決的意見，如果在一審的交鋒中，中央研究院已經就具體事證提出法庭參考，並獲判敗訴，就不應再浪費納稅人的錢，消耗司法資源繼續上訴。
根據判決書所言，當事勞工請假固然存有瑕疵，但是中央研究院的處理程序及手段更是違反勞動法令及「解僱最後手段性」原則，是故判決確認解僱違法，應恢復聘僱關係、勞工可以回任原職。除此之外，法院判決還認定中央研究院於事後回頭修改當事人前兩年的工作考績（107年甲等、108年乙等）一律改為丙等，並且未按工作規則考績配分比例為之（績效應佔80%、其他佔20%；請假爭議至多影響「其他」部分），並不合法。這也再度反應出中央研究院內部管理的問題，缺乏遵循現代勞動法令的意識。
中研院勞資會議勞方代表、高教工會中研院分部籌備會發起人張震宇出席記者會指出，類似違法解僱的個案僅是冰山之一角。因為勞工缺乏相關資源（金錢、時間或法律資源）與資方進行訴訟、且需顧慮學術就業圈子之觀感，往往忍氣吞聲，敢怒不敢言。而且已有不少案例傳出，中央研究院在試圖解僱勞方時，院方往往授意管理單位誘騙、脅迫勞方簽下「自願離職同意書」，或是邀請勞方勾選資遣事由並以此宣稱達成合意資遣。爾後發生勞資爭議，院方則宣稱是雙方合意終止，並無「解僱」或「強制資遣」，導致勞方喪失權益。然而此種誘導勞工假性「自願離職」的作為，豈是最高學術機關該有的動作？
除此之外，張震宇指出，中央研究院迄今對職場霸凌問題缺乏落實防制措施與申訴管道，導致實務上若出現單位長官為了逼退員工，刻意差別對待、惡意刁難或施以顯然不合理的工作要求，員工往往求助無門。中研院應立刻改正以遵循勞動法令標準，保障全院職工權益。
根據工會了解，近年來學術從業人員的勞動處境已日趨堪憂，儘管作為最高學術研究單位如中央研究院，其受聘僱人員也有諸多勞權議題有待伸張。工會強調，中央研究院是我國最高學術機關，在勞動法令遵循上應嚴守標準；高教工會也主動呼籲不論是中研院研究人員或職員、助理，一同加入工會爭取健全的勞動環境，推動成立高教工會中研院分部，促成學術機構中良善的勞資溝通。